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 Programm gesucht, um Molekühle in 3D darzustellen 
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Chemie Junior

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Beitrag Programm gesucht, um Molekühle in 3D darzustellen
Hei ihrs,

habt ihr vielleicht eine Idee für ein relativ benutzerfreundliches Chemieprogramm (wenn es geht free :wink: ) - ich würde gern für meine Diplomarbeit (bin kein Chemiker), meine chemischen Verbindungen in 3-D darstellen (z.B. Methanol, Fe-nitrat usw....) und bestimmte Orbitale.
Es wäre sehr nett, wenn mir einer weiterhelfen könnte- ich habe mich schon im Internet informiert- da gibt es aber so viele Programme, dass ich da nicht durchsteige, welches am besten wäre und am einfachste zu bedienen :roll: .

Vielen lieben Dank für eure Hilfe!!!


16.01.2007, 11:19
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Ich verschieb das mal zu den Chem-Tools, denn dort gehört´s hin.

_________________
Gruß, Morienus


16.01.2007, 11:21
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Chemie Freak
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Schwierig. Man nutzt was, weiss aber nicht ob es "Freeware" ist...

Was Du benötigst ist ein Zeichenprogramm und ein 3D-Addon.
Die grossen kostenlosen Pakete sind
ISIS-Draw
www.mdli.com/downloads/

Chemsketch
http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html

Von ACD (dem Hersteller von Chemsketch) gibt es übrigens ein kostenloses 3D-Plugin für ISIS-Draw...
Also: ISIS runterladen und 3D Plugin von ACD installieren. Hatte das auch schon im Einsatz: funktioniert problemlos! (Ob die aktuelle Version auch geht?)

Nun muss man Dich aber fragen, was Du Dir genau vorstellst (schick mal einen Link auf "ähnliche" Graphiken im Internet. Zudem: WEM gibst Du Deine Arbeit ab?

Ich möchte einfach mal sagen, dass "irgendeine" Struktur gezeichnet in ISIS dann in einer 3D-Darstellung rel. "unwissenschaftlich" ist (unoptimierte Struktur). Bleib lieber bei einer schönen 2D-Darstellung!

Dann zum grössten Problem: die Orbitale... Hierzu müsste man dann effektiv von irgendeiner 2D-Struktur abstand nehmen und dann richtig anfangen zu rechnen. Auch beim Eisen-Nitrat und ähnlichen Verbindungen (bei denen JEDER einfach Fe(NO2)3 oder ähnlich schreiben würde), hast Du dann 2D schon genug zum rummalen und dann noch in einer 3D Darstellung? Dann wirst Du Dich in die Nesseln setzen!

Aber eben: es kommt hier wirklich aufs Fach und den Korrektor drauf an!

Ansonsten sind wir auf dem Niveau:
Molecular Modeling

Eine weiter Möglichkeit ist, dass Du Dir die 3D-Daten (z.B. für Proteine aus der PDB) runterlädst und dann diese Strukturen einfach darstellst...

Aber Du merkst, so richtig anfreunden mit der Idee kann ich mich nicht...

Vielleicht als Tipp:

geh auf Chemexper.com, such MeOH und so weiter, dann rechts "3D Model" und dann einfach ein wenig drehen und kopieren ("Print Screen").
Das könnte bei grössern Molekülen ein wenig Zeit ersparen!

Mal als grösseres Beispiel Lanosterol:
Lanosterol in chemexper.com

Wie gut die Stuktur-Optimierung ist kann ich Dir aber nicht sagen...

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16.01.2007, 15:55
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Chemie God
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welches programm ich ziemlich gut finde, aber keine freeware ist, ist hyperchem professional. damit kann man sich auch die MO's berechnen und grafisch je nach auswahl darstellen lassen. ausserdem sind mit povray high res, high quality bilder möglich die echt richtig geil aussehen.....

achja und struktur optimierung und den ganzen standardkram ist auch dabei....

_________________
Zum Dorfrichter Adam sagte der Gerichtsrat: "In Eurem Hirn liegen Wahrheit und Irrtum geknetet inniglich als wie ein Teig! Mit jedem Stücke gebt Ihr mir von beidem!"


16.01.2007, 16:46
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Habe mal "MacSpartan" over night an einem billigen Thia-Cyclobutan rechnen lassen. Das war vor 8 Jahren. Gott war das mühsam!

Es ist jetzt aber schon die Frage, was man mit diesen 3-D Bildern bezwecken will: einfach eine gerenderte 3D-Darstellung, die irgendwie geil aussschaut?
Das ist ok, sobald das "Gegenüber" das auch geil findet... Bei einem Chemiker ist das dann eine 50%/50% Chance (meines Errachtens), wobei zumindest 33% nachfragen, wie die Struktur errechnet wurde. Dann bist Du schon in der Bredouille!

Z.B. "Welche Strukturoptimierung hast Du genommen".
"Diejenige aus dem NMR-Vorhersage-Programm von Chemsketch"... ja haben wir da gelacht...

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16.01.2007, 16:58
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Chemie Junior

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Hmmm tja jetzt bin ich ja richtig demotiviert...
Ich wollte eigentlich nur die Chemikalien meiner Lösung, die ich zum Filme ziehen (ich weiß nicht, ob euch das was sagt) brauche, in 3-D darstellen. Ich dachte, dass macht sich vielleicht schöner als nur eine stupide Formel. 2-D ist vielleicht auch nicht schlecht- reicht denke ich zu, aber 3 D ist schöner- kann man denn da so viel falsch machen? Ich habe ja eigentlich relativ einfache Strukturen und ich dachte, die könnte man einfach so zu einer chemischen Verbindung zusammensetzen (als Beispiel Wasser 2H-Atome und ein O-Atom in 3-D)??? Mein Prof. ist kein Chemiker.

Vielen lieben Dank....


16.01.2007, 17:35
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Chemie Junior

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Hei nochmal,

vielen Dank für den Tipp mit ACDLABS 10.0 und ISIS Draw- Programm - ich hab da mal so einige Sachen ausprobiert- das reicht mir schon zu- was es nicht alles als Programm gibt :D - wenn ich fertig bin kann ich die "Zeichnungen" ja mal posten (ob sie richtig sind)....

Danke und noch einen schönen Abend


(für weitere Hilfe oder Gedankengut bin ich natürlich empfänglich)


16.01.2007, 19:31
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Chemie Freak
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Das war schon vor fünf Jahren gut! Es reicht absolut, um ein paar Bilder zu erzeugen!

Ein "Kalottenmodell" einer Fettsäure kannst Du schnell mal konstruieren, da sagt niemand was dagegen!

Viel Spass beim rumprobieren und stell ruhig ein paar Bilder rein!

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16.01.2007, 23:21
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Chemie Senior
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Beitrag 
Zur Not nimmst du dir einfach PovRay und MoRay und klatscht ein paar Spheres ineinander - ein bisschen mühsam vielleicht, aber dafür kostenlos.


16.01.2007, 23:23
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Schaut euch doch mal hier um:
http://spot.fho-emden.de/ftp.htm

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Gruß, Morienus


17.01.2007, 11:28
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Chemie Freak
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Jo, hat ein paar coole Programme. Ich schau mir das mal an... Etwas zur Visualisierung habe ich noch nicht gesehen, aber ein "3D-Zeichenprogramm"??? Das müsste man testen...

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17.01.2007, 12:31
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Beitrag 
also ich kenn ein programm, das man sich kostenlos downloaden kann.
das ist zwar nicht direkt für chemie gedacht, sondern ein normales 3D-programm. kann man trotzdem gut dafür verwenden:

http://www.vollversion.de/download/blender_1415.html


10.02.2007, 13:08
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Chemie Junior

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Beiträge: 3
Beitrag 
PhosphorTriOxid hat geschrieben:
also ich kenn ein programm, das man sich kostenlos downloaden kann.
das ist zwar nicht direkt für chemie gedacht, sondern ein normales 3D-programm. kann man trotzdem gut dafür verwenden:

http://www.vollversion.de/download/blender_1415.html


Als Freeware kann man das empfehlen ! Aber wenn du es wirklich proffesionell machen willst solltest du dir ein ordentliches (leider teures) Programm zulegen !


02.04.2007, 22:15
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Chemie God

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Beitrag 
addi hat geschrieben:
Hmmm tja jetzt bin ich ja richtig demotiviert...
Ich wollte eigentlich nur die Chemikalien meiner Lösung, die ich zum Filme ziehen (ich weiß nicht, ob euch das was sagt) brauche, in 3-D darstellen.


was denn ? Lacke?

machste oberflächenbeschichtungen?

:-D

(ja mir sagts was ;-) )


02.04.2007, 22:18
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