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 Molecular Modelling Tools 
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Chemie God
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Registriert: 25.04.2005, 11:53
Beiträge: 1433
Wohnort: Amazonas
Beitrag Molecular Modelling Tools
Ich stell mal was für die Biochemie rein.

Hier ist ein Link zum Swiss-PDB-viewer, ein Programm mit dem man 3D-Strukturen
von Molekülen anschaun kann. Sofern man das pdb-file davon hat

http://swissmodel.expasy.org/spdbv/

Meiner Meinung nach der am leichtesten zu bedienende PDB-viewer der
momentan da ist, da kann RasMol oder RasTop einpacken.
Außerdem gibt's hier auch noch ein ausführliches Tutorial dazu und das
Manual ist auch OK.

pdb-files von Proteinstrukturen bekommt man hier:

http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do


Wenn man nur eine Aminosäuresequenz hat, kann man die auch mal
durch Swiss-Model durchlaufen lassen um eine 3D-Struktur berechnen zu
lassen, funktioniert aber nicht immer.

http://swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html


Oder über HMMSTR/ROSETTA

http://www.bioinfo.rpi.edu/~bystrc/hmmstr/server.php

Nimmt aber nur Sequenzen <150 AS


Von Rosetta gibt's ne neue Version: Robetta

http://robetta.bakerlab.org/

Wie gut dieses Tool ist weiß ich noch nicht, meine abgeschickten Jobs
sind noch nicht zurückgekommen.

Tschö,
m-s

_________________
I like puppies, flowers, long walks on sandy beaches, and 60ft. 100 ton war machines spouting death on flaming lances rampaging through downtown.


12.02.2006, 13:13
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